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教程(十四)GaussView使用技巧-在质心添加原子或分子

关键词:GaussView使用技巧 在质心添加原子或分子    发布时间:2019-10-24 23:34:23    点击数:136

(一)引言:

➢ GaussView中有很多功能,但我们平时在使用时用到的功能较少。本系列将结合笔者多年的使用经验,介绍GaussView的使用技巧。
➢ 当要在材料的中心(或某一区域的中心)添加原子(或分子)时,如何精准、有效构建所需要的模型呢?本文将以足球烯(C60))及其衍生物为例,介绍如何在其中心位置放入所需要的原子(或分子)。

(二)建模过程:

1. C60及其十二烷基取代衍生物的构建
█ 软件版本GaussView 6
█ 首先画出C60,此步较为简单,只需要在GaussView环状结构数据库中找到即可(右下角)。其次,在其中一个C原子上接上12烷基。结构如下:


C60及其十二烷基取代衍生物结构


2. 在C60质心添加Fe原子和H2O分子。
█ 在GaussView 6中有一个功能就是实现在质心添加原子或分子。在如下位置:


质心添加原子或分子功能键


█ 对于C60,我们现在预建模窗口先选好Fe原子或H2O分子,然后点击上面介绍的Builder → Place Fragment at Centroid of Selected Atoms功能,就能在C60分子结构中精准添加原子或分子。如下图所示:


质心添加原子或分子时的预览窗口和结构图


█ 对于C60的十二烷基取代衍生物结构,如果按上述方式添加原子或分子,则所添加的原子或分子不会出现在C60中心,而是出现在整个衍生物的质心。此时,我们需要通过“特定选择”功能 ,只选中C60部分,这样就可以达到目的,如下图:


(a) 未使用“特定选择”功能时添加原子的位置及结构 (b) 使用“特定选择”功能,选择C60区域 (c)(d) 使用“特定选择功能”之后添加的Fe原子和H2O分子的位置及其分子结构


█ 上述方法在构建不同参杂、包覆材料或者催化剂活性中心时具有快速、精准的特点,希望读者能够在实际研究中灵活运用。

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