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教程列表29条
【2025-07-09】教程（二十七）AMPAC程序中CHAIN方法搜索过渡态
（一）引言：
对于前面的TS和STQN方法，都有各自的优缺点。此处介绍一种不需要过渡依赖经验的组合方法。本方法借助于AMPAC程序中寻找过渡态的Chain方法，先使用半经验方法得到一个过渡态的初始结构，然后在Gaussian软件中使用DFT方法对此“过渡态”结构进行优化。
CHN（及其前身CHAIN）旨在定位给定一对极小值（即所研究化学反应的反应物与产物）之间的过渡态。该方法无需过渡
【2021-07-12】教程（二十六）稳态和过渡态优化中如何消除多余虚频
（一）引言： 从原理来讲，稳态无虚频、过渡态有且仅有1个虚频（此虚频在log文件或GaussView中以负值的形式体现）。在几何结构优化过程中，我们经常遇到稳态和过渡态有多余虚频存在的情况。本文将以二甲醚（CH3-O-CH3）稳态结构优化为例，介绍一种简单、有效的消除多余虚频的方法。 （二）计算过程： 1. 二甲醚分子构建软件版本Gaussian 16, GaussView 6计算方法 # B3
【2021-06-08】教程（二十五）使用赝势基组时5d-6d基函数一致性问题
（一）引言：在含有金属的体系中，如金属有机化合物、金属氧化物的计算中，由于相对论效应和计算量的问题，我们通常用赝势基组对金属元素进行描述，而对其它非金属元素则使用全电子基组（例如6-31G(d)）。这个看起来很完美的混合基组策略，由于Gaussian程序的默认设置而隐藏了一个很严重的科学问题。这个问题涉及到基函数的组成问题，Gaussian程序中一般默认使用6d关键字（但在使用gen或gene
【2020-10-19】教程（二十四）使用freqchk命令进行热力学校正
（一）引言：
➢ 在使用Gaussian进行计算时，我们根据所要研究体系的状态设置温度和压力等条件，教程二十三介绍了如何设置体系的温度和压力。但在某些体系中，我们想要考察该体系在不同温度和压力下的热力学量，应该怎么办呢？我们并不需要重新设定温度和压力重新进行计算（重新进行频率计算需要花费大量的计算时间）。本文以教程二十三中的甲烷计算为例，将介绍如何使用freqchk命令产生不同温度和压力
【2020-10-19】教程（二十三）GaussView使用技巧-如何设定温度和压力
（一）引言：
➢ 在使用Gaussian进行计算时，由于每个人所研究体系的化学环境不同，最典型的情况就是系统所处的温度和压力不同，那么在Gaussian计算时如何指定温度和压力呢？本文以甲烷（CH4）分子为例，介绍如何设定温度和压力，并查看相关热力学数值。
（二）计算过程：
1. 温度和压力的设置：
█ 软件版本Gaussian 16, GaussView 6
【2020-04-09】教程（二十二）GaussView使用技巧-如何将指定区域原子进行固定
（一）引言：
➢ 在计算时，有时由于某些特殊原因，我们选择不进行全局优化，而选择固定某些原子进行局部优化。固定原子进行局部优化的方法有多种，比如前文介绍的在原子坐标前加“-1”进行固定（教程二十一），也可以通过关键词 opt=readopt 进行固定。但是，在体系较大时，如果想对某一个区域进行固定，上述两个方法就显得比较繁琐。本文将介绍GaussView对指定区域原子进行固定的方法。
【2020-04-09】教程（二十一）几何结构优化中如何固定部分原子
（一）引言：
➢ 在几何结构优化时，我们有时需要固定某些原子以达到研究的某种目的。比如，研究表面化学问题时，常常固定材料基底；使用ONIOM模型时，也会将低层的原子坐标进行固定，等等。本文将介绍如何固定原子坐标。
（二）设置过程：
1. 方法一：笛卡尔坐标前加入“-1”标志
█ 软件版本Gaussian 16, GaussView 6。
█ 以甲烷分子为例，首
【2020-04-08】教程（二十）GaussView使用技巧-如何保存动态结构图
（一）引言：
➢ 在论文写作或者教学过程当中，我们常常想要制作动态结构图用于阐明化学变化过程。例如，搜索过渡态时需使用内禀反应坐标(IRC)来确认过渡态的结构是否连接反应物和产物。此时，如果能将IRC中每一个结构保存为动态结构图，将可以比较全面的展示过渡态的结构变化。另外，在进行结构优化或者势能面扫描(Scan)时，我们也可以通过保存动态结构图来观察分子结构的变化过程。最后，在进行红外和
【2020-04-08】教程（十九）内禀反应坐标（IRC）计算
（一）引言：
➢ 在研究化学反应机理时，搜索到过渡态之后，有时仅从虚频的振动方向很难判断过渡态是否连接反应物和产物，此时可以通过内禀反应坐标(IRC)来确认过渡态的结构是否连接反应物和产物。另外，IRC计算时也可以把某个键长、键角或二面角随反应坐标的变化情况描绘出来。最后，我们还能将IRC中每一个结构（以及结构参数）保存为动态结构图，将可以比较全面的展示过渡态的结构变化。本文将以教程五中
【2020-02-10】教程（十八）过渡态搜索（三）
（一）引言：
➢ 过渡态搜索是计算化学中一个很重要的内容，它研究化学反应动力学方面的信息。过渡态搜索将分为多个部分进行介绍。在教程（三）中，我们介绍了使用Opt=calcall联合大小基组方法寻找过渡态的方法。但在某些体系中，如果反应区域外的部分结构还远离平衡点，则会存在方法失效的情况。
➢ 本文作为第三部分将给初学者介绍另外一种过渡态寻找方法，即运用Scan关