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教程(十七)Gaussian计算服务器的配置

关键词:Gaussian计算服务器 配置    发布时间:2020-02-10 17:48:05    点击数:1861

➢ 我们刚开始使用Gaussian软件进行量子化学计算时,首先碰到的问题就是:如何配置服务器。本文将以通俗易懂的语言介绍如何合理的配置服务器。

➢ 首先我们将几个经常被问到的问题进行回复:

1. 我们是研究XX领域的,请问在配置服务器的时候有什么特殊要求吗?
2. 请问我要做XX方面的计算,应该配多少核的CPU以及多少内存?

回答: 一般情况下(假定做密度泛函计算),服务器配置与你所研究的领域、所要计算的问题没有必然联系。Gaussian是一款量子力学的程序,只要你的研究领域属于原子尺度及以上,服务器的配置通常只与你研究的体系大小有关(简单来说就是你体系中原子数目的多少)。对于同一个服务器配置,你研究的体系越小,计算时间越快;体系越大,计算时间越长。并且,计算时间与体系的大小成指数级增长关系,而不是线性关系。所以,不存在应该配多少核的CPU及多少内存的这个问题。唯一存在的问题是:你打算用多少经费用于配置服务器。服务器越多、配置越高,计算时间就越短。

➢ 服务器配置

CPU: 对于量子化学计算来说,CPU选用Intel的会更加省心,许多量子化学程序对Intel CPU的兼容都是最完美的,而且Intel有自带的编译器和数学库,其编译器还有专门为Intel的CPU优化的选项。另外,推荐购买至强(Xeon)系列,此系列CPU是专门为高性能计算设计的。至强系列和酷睿系列的CPU区别就是市场定位不一样,至强系列是服务器CPU,比酷睿系列拥有更为丰富的指令集,更为出色的性能和支持更多的并发连接数,特别是在需要多线程运行的场景中优势相比酷睿系列是很明显的。

GPU: Gaussian 16版本开始支持GPU计算,目前支持的GPU型号有V100 (Volta),P100 (Pascal), NVIDIA K40及K80 GPUs。如果你的经费充足,并且有其它软件需要用GPU计算,可以考虑配置GPU。

内存: 内存的大小建议与服务器总核数相关(物理核数,而不是线程数)。一般一个核心配置至少2GB内存。例如,如果CPU的总核数为16,则建议配置32GB以上内存。

Gaussian会根据CPU核数和内存的配置来自动选择是CPU优先还是内存优先的算法。

所以经费允许情况下,CPU核数和内存尽量配置高一点。

硬盘: 一般情况下(假定做密度泛函计算),对于硬盘的大小和存储速度没有特殊要求。如果你需要做post-HF计算,则建议使用存储速度较快的固态硬盘并且硬盘空间需要足够大。

其它问题:如需进一步了解,可以联系我们。
Tel:021-66823328;
QQ:2196089718
Email: sales@emoltech.com

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