教程（二十）GaussView使用技巧-如何保存动态结构图

关键词：GaussView 保存动态结构图    发布时间：2020-04-08 23:33:43    点击数：26785

（一）引言：

➢ 在论文写作或者教学过程当中，我们常常想要制作动态结构图用于阐明化学变化过程。例如，搜索过渡态时需使用内禀反应坐标(IRC)来确认过渡态的结构是否连接反应物和产物。此时，如果能将IRC中每一个结构保存为动态结构图，将可以比较全面的展示过渡态的结构变化。另外，在进行结构优化或者势能面扫描(Scan)时，我们也可以通过保存动态结构图来观察分子结构的变化过程。最后，在进行红外和拉曼光谱模拟时，如果我们需要保存某个频率所对应的振动模式，也可以将其保存为动态图。本文将以教程五中的过渡态结构以及教程十九中的IRC计算为例，介绍?何保存动态结构图。

（二）作图过程：

1. 将结构优化过程保存为动态图(gif文件)
█ 打开教程五中的过渡态结构所对应的log文件，如下图：
█ 软件版本Gaussian 16, GaussView 6
█ 我们可以看到，这个过渡态的搜索过程经历了5步优化。

█ 注意在打开log文件时一定要勾选以下选项：

█ 然后在结构图上点击鼠标右键File → Save Movies → Save Movie File,则会弹出保存动态图gif的界面：

█ 最终得到的动态图效果如下：

2. 将内禀反应坐标计算结构保存为动态图(gif文件)
█ 打开教程十九中的IRC计算log文件，如下图所示：

█ 跟上面一样，然后在结构图上点击鼠标右键File → Save Movies → Save Movie File,则会弹出保存动态图gif的界面：

█ 最终得到的动态图效果如下（同教程十九中的gif图）：

3. 将频率计算振动模式保存为动态图(gif文件)
█ 因为搜索过渡态时我们同时也计算了频率(freq关键词)，所以我们还是打开教程五中的过渡态结构所对应的log文件

█ 然后点击GaussView面板上的Results → Vibrations，然后选择你想要保存的振动模，本例中选择虚频为例(图中的第一个频率)。然后点击Save Movies → Save Movie File,则会弹出保存动态图gif的界面：

█ 最终得到的动态图效果如下：