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教程(二十)GaussView使用技巧-如何保存动态结构图

关键词:GaussView 保存动态结构图    发布时间:2020-04-08 23:33:43    点击数:2045

(一)引言:

➢ 在论文写作或者教学过程当中,我们常常想要制作动态结构图用于阐明化学变化过程。例如,搜索过渡态时需使用内禀反应坐标(IRC)来确认过渡态的结构是否连接反应物和产物。此时,如果能将IRC中每一个结构保存为动态结构图,将可以比较全面的展示过渡态的结构变化。另外,在进行结构优化或者势能面扫描(Scan)时,我们也可以通过保存动态结构图来观察分子结构的变化过程。最后,在进行红外和拉曼光谱模拟时,如果我们需要保存某个频率所对应的振动模式,也可以将其保存为动态图。本文将以教程五中的过渡态结构以及教程十九中的IRC计算为例,介绍?何保存动态结构图。

(二)作图过程:

1. 将结构优化过程保存为动态图(gif文件)
█ 打开教程五中的过渡态结构所对应的log文件,如下图:
█ 软件版本Gaussian 16, GaussView 6
█ 我们可以看到,这个过渡态的搜索过程经历了5步优化。




█ 注意在打开log文件时一定要勾选以下选项:




█ 然后在结构图上点击鼠标右键File → Save Movies → Save Movie File,则会弹出保存动态图gif的界面:




█ 最终得到的动态图效果如下:






2. 将内禀反应坐标计算结构保存为动态图(gif文件)
█ 打开教程十九中的IRC计算log文件,如下图所示:




█ 跟上面一样,然后在结构图上点击鼠标右键File → Save Movies → Save Movie File,则会弹出保存动态图gif的界面:




█ 最终得到的动态图效果如下(同教程十九中的gif图):






3. 将频率计算振动模式保存为动态图(gif文件)
█ 因为搜索过渡态时我们同时也计算了频率(freq关键词),所以我们还是打开教程五中的过渡态结构所对应的log文件

█ 然后点击GaussView面板上的Results → Vibrations,然后选择你想要保存的振动模,本例中选择虚频为例(图中的第一个频率)。然后点击Save Movies → Save Movie File,则会弹出保存动态图gif的界面:






█ 最终得到的动态图效果如下:






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