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GaussView 6 Release Notes

关键词:GaussView 6 Release Notes    发布时间:2017-02-05 19:13:53    点击数:1074

(目前最新版本GaussView 6.0


GaussView是专门针对Gaussian软件开发的可视化图形设置界面。通过GaussView您可以导入、构建您感兴趣的分子结构,设置、运行、监视以及控制Gaussian软件的计算过程,检索、查看所需的各种计算结果数据。大大降低计算化学的门槛,方便各类科研人员的使用。

 

GaussView 6新版本发布,专门为方便简单地处理大型化学体系计算开发了许多新增功能。这些新增功能完全支持Gaussian 16所有新增的建模方法和功能。相信通过GaussView 6您能马上便捷地使用Gaussian 16探究您研究的分子和反应机理。

 

 

  • 数据结果的图形化
  • 计算设置新功能
  • 数据结果的图形化

     

    非谐振频率分析

    GaussView 6 可以显示IR, Raman, VCD及ROA的谐振和非谐振光谱结果,所预测非谐振峰、强度将同谐振峰、强度同时显示(同时包括倍频及组合峰)。

    所得谱图可以图片形式展示,包括独立展示或者同时在单个图中展示。例如,下图左边展示的是VCD光谱的谐振光谱,中间部分展示的则是VCD光谱的非谐振光谱,右边展示的则是两者的组合光谱。

     

     

    PCM溶剂模型孔洞

    GaussView 6 可以展示SCRF溶剂模型的孔洞,既可用全色展示,又可用网格和点展示,溶剂模型孔洞可根据用户喜好选定。例如,下图所示的原子孔洞表面可以用特定颜色展示(此表面已设置为透明)。

     

     

     

    ORD(旋光色散光谱)

    GaussView 6 可以展示旋光色散光谱计算的结果。分子组(molecule group)中每个分子的ORD光谱都能单独展示。下图所示为五个分子在特定激发频率下的ORD光谱,其中每个点为特定波长下所预测的旋光度。

     

     

     

    电子振动光谱

    GaussView 6 能展示电子振动分析结果,诸如电子振动光谱以及Duschinky矩阵。例如,下图展示的是单光子吸收电子振动光谱。跃迁(blue sticks),跃迁对应的光谱(red curve)及最终的光谱(black curve)都能同时展示。

     

    下图展示的是每对始态和终态的Duschinsky重叠矩阵,颜色从白色(0% overlap)到全色(100% overlap)标注。例如,我们可以看见在40左右始态和终态的重叠系数在 40-60%左右。

     

     

    更加完善的计算总结

    GaussView 6 可以显示更多的计算结果:

    ●  Overview 栏显示计算得到的重要信息,新增溶剂化模型及极化率信息。

    ●  Thermo 栏只有在进行频率计算后才会显示,它可以显示各种热力学值。

    ●  Opt 栏只有在进行几何优化之后才会显示,它可以显示当前优化下的收敛情况,包括maximum, RMS force, displacement及能量变化。

     

     

    保存视频文件

    你可以使用GaussView6 来保存正则振动动画及振动模(MP4格式)。当保存正则振动动画时,你可以指定重复的频率、向前(或后)播放、调整振动速度和流畅性等。振动动画可以指定位移幅度、展示矢量位移及偶极矩等。

     

     

    组合图

    GaussView 6 可以从多个文件中以组合图的形式查看结果。主要功能如下:

    ●  可以改变线、短线以及两者组合的意义。

    ●  指定线\短线的特征,包括粗细及颜色。

    ●  绘制组合线以及指定其外观。

    ●  对每个数据分配权重,包括Boltzmann平均。例如,下图展示的是4个构象的VCD光谱以及Boltzmann分布下的VCD光谱(dashed green line),我们可以得知组合光谱图中构象1所占比重最高。

     

     

     

  • 计算设置新功能

    一步设置多个作业

    GaussView 6可以通过几步简单操作对一个分子组(molecule group)进行Gaussian作业设置。过程如下:

    ●  确保所有分子都在一个分子组(molecule group)中。

    ●  在Gaussian Calculation Setup栏中按正常步骤来设置job type, model chemistry, title及其它关键词。 

    ●  点击Assign to Molecule Group 按钮,使上述设定应用到分子组中的所有分子上。

    ●  保存时,设置 Save Molecule Group为每个分子创建独立文件。前缀及(或)分子编号可以加入到每个文件当中。

    ●  在下例中,我们通过构象搜索得到了84个分子。我们将作业设置为Opt+Freq,然后应用到分子组中的每个分子上,当保存时,每个分子将会产生独立的输入文件。

     

     

    GMMX 构象搜索

    GaussView 6 可以使用新增GMMX模块进行构象搜索。你可以通过以下一种或多种方法进行构象搜索:

    ●  对于 Cartesian 搜索,每个重原子将在X, Y, Z方向上随机移动一个距离。此方法在寻找局域最小值(local minima)时较为有效。

    ●  对于Bonds方法,每个已选择的键将会随机旋转一个值,这会使分子构象产生较大变化。此方法在寻找局域最小值间的相互转化时较为有效。

    ●  对于环状化合物,在Bonds方法中提供了Ringmaker策略。它将打开环中的一根键,旋转其余键,然后再试图重新闭环。如果闭环之后的键长及键角不合理,那么此构象将不会采纳,程序将会进入下一个可能的搜索。此方法对于8元环(或更大环)这样易变形的分子较为有效。而对于不易变形的环状化合物,此方法则效果不佳。对于这种情况, Cartesian 搜索方法则较为有效。

    一旦GMMX 搜索完成,所有的构象信息将会列出,你可以使用GaussView 6以单个分子组形式打开和查看。同样,你可以查看这些构象的能量。

     

     

    SC作业管理系统

    SC作业管理系统是为局域网计算机而设置的队列系统(已载入GaussView 6中的服务器)。可以设置作业、加入一个队列及无需任何操作的情况下自动运行等。

    在SC作业管理系统中有3个独立的队列,每个队列可以指定同时运行的作业数量。作业的状态可以通过SC作业管理系统中的Running JobsFinished Jobs 栏查看。SC作业管理系统也可以编辑作业类型(job types)、定义默认队列及其它高级设置。

     

     

    对称性

    GaussView中的点群对称性功能可以让你提高当前分子的对称性,可以限制一个分子为特定点群,之后的所有操作将会保持此对称性。

    GaussView 6 允许降低当前分子的对称性。对于Jahn-Teller扭曲来说,保持某些分子的对称性对计算设置来说很有效,下图所示分子点群由D3h 变为D3

     

     

    刷选工具

    GaussView6 提供三种不同的工具来选择分子中的原子,最新的工具为刷选(brush selection)。此工具主要用于在紧密簇中快速选定原子。

     

     

    作业设置新功能

    Gaussian Calculation Setup栏增加了许多新功能:

    ●  A: Job Preview 面板显示所生成的输入文件内容。

    ●  B: 可以从checkpoint文件中提取数据以及直接定义%OldChk

    ●  C: 可以指定作业最大硬盘使用量。

    ●  D: 新增作业类型(job types),包括polarizabilities及ORD.

    ●  E: 提供一个扩展面板用于指定布局分析。

    ●  F: 支持Gaussian 16 新功能。例如anharmonic IR/Raman, VCD及ROA计算。

    ●  G: 可查看Default.Route文件内容。

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