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(一)引言:
从原理来讲,稳态无虚频、过渡态有且仅有1个虚频(此虚频在log文件或GaussView中以负值的形式体现)。在几何结构优化过程中,我们经常遇到稳态和过渡态有多余虚频存在的情况。本文将以二甲醚(CH3-O-CH3)稳态结构优化为例,介绍一种简单、有效的消除多余虚频的方法。
(二)计算过程:
1. 二甲醚分子构建
软件版本Gaussian 16, GaussView 6
计算方法 # B3LYP/6-31G(d) Opt Freq
假设构建二甲醚分子结构如下:
2. 创建输入文件(ch3-o-ch3.gjf),提交作业。输入文件内容如下:
%nprocshared=4
%mem=1GB
%chk=ch3-o-ch3.chk
#opt freq b3lyp/6-31g(d)
Title Card Required
01
C -2.91415654 1.73192769 0.00000000
H -2.55750211 0.72311768 0.00000000
H -2.55748370 2.23632588 0.87365150
H -3.98415654 1.73194087 0.00000000
O -2.43748162 2.40602994 -1.16759033
C -1.96080670 3.08013219 -2.33518066
H -1.36635920 2.40759138 -2.91760749
H -2.79302502 3.41639881 -2.91762158
H -1.36636317 3.92080440 -2.04396401
3. 使用GaussView或文本编辑器打开输出文件(ch3-o-ch3.log),发现优化得到的结果存在两个虚频(如下图所示)。
使用GaussView查看虚频的步骤:主界面àResultsàVibrations
4. 虚频的消除
选定第一个虚频,然后勾选Manual Displacement进行手动调整结构。把拉杆图标移到最右边,然后点击Save Structure(下图右)。
5. 重新设定计算方法,提交作业(ch3-o-ch3-reopt.gjf)。输入文件内容如下:
%nprocshared=4
%mem=1GB
%chk=ch3-o-ch3-reopt.chk
#opt freq b3lyp/6-31g(d)
Title Card Required
01
C 0.00000000 -0.21000000 1.36944100
H 0.00000300 0.71779000 2.02145900
H -0.90009300 -0.81389200 1.65145900
H 0.90009000 -0.81389800 1.65145900
O 0.00000000 0.43000000 0.00000000
C 0.00000000 -0.21000000 -1.36944100
H -0.00000300 0.71779000 -2.02145900
H 0.90009300 -0.81389200 -1.65145900
H -0.90009000 -0.81389800 -1.65145900
6. 使用GaussView或文本编辑器打开输出文件(ch3-o-ch3-reopt.gjf),发现优化得到的结果虚频已消除。
7. 总结
从本例可以看出,分子的初始结构构建是非常重要的,最开始的二甲醚结构中C-O-C键角为180度,从结构化学的角度来看,该分子结构应该类似于H2O结构,为折线型分子。因此本例中初始结构不合理是造成出现虚频的主要原因。实际研究中,分子结构非常复杂,在出现虚频时应该首先检查初始结构是否合理。
本例中有2个虚频,使用GaussView查看其振动方式,可以看出它们是相关的。因此,消除其中一个虚频,很大概率另外一个也会自然消除。实际研究中,一般也是使用逐个虚频消除的策略。
过渡态多余虚频的消除方法也类似,例如搜索过渡态时出现2个虚频率,其中1个虚频对应着反应进行的方向,而另外一个虚频与反应方向无关。此时,我们只要消除后者即可。